Wie wir richtig vermutet haben, lag das Problem bei fastd: Da unsere Gateways seit kurzem auch DNS-Einträge für IPv6 haben, hat fastd zuerst eine Verbindung über IPv6 versucht, auch wenn das nicht vorhanden war. Da in der 0.2-Firmware noch eine ältere Version von fastd zum Einsatz kommt, in der der Fallback auf IPv4 kaputt ist, konnten die Knoten überhaupt keine Verbindung zu unserem Netz aufbauen. Das Problem wurde bereits letztes Jahr in fastd 11 gelöst.
Nachtrag: Das soll euch natürlich nicht davon hindern, eure Knoten zu aktualisieren, dann gibts auch einen tollen Autoupdater 
Prima Job, danke!